事業承継補助金の活用を視野に入れているけれど、「実際にどのくらい採択されているのだろう」と気になる方は多いのではないでしょうか。

申請書の準備に時間をかけても、不採択では意味がない、と不安を感じる方も多いでしょう。

実際、事業承継やM&Aを進める際には、設備の更新や専門家への依頼などで思った以上に費用がかかることがあります。

そのため、補助金を活用できるかどうかで、資金計画が立てやすくなる場合もあるでしょう。

そこで本記事では、事業承継補助金の採択率について、2026年の最新版として近年の傾向を解説しました。

不採択の理由や審査のポイントもわかりやすくまとめましたので、申請するにあたって「どこを押さえておけばよいか」を知るための参考にしてください。

この記事を監修した弁護士

【2026年最新】事業承継補助金の採択率は？

事業承継補助金（事業承継・M&A補助金）は、年度ごとに複数回の公募がおこなわれることがあり、そのたびに採択結果が公表されます。

1年の公募回数はその年によって変わりますが、継続して募集される制度のため、直近だけでなく複数回の結果を見ておくことで、全体の傾向がつかみやすくなると考えます。

そして、採択率は公募回ごとに差があり、数字だけを見ると通りやすく感じる回もあるかもしれません。

ただ、実際には申請枠や応募内容によって難しさが変わるため、単純に数字だけで判断するのは難しいところです。

ここでは、2026年6月現在で最新と言える、以下の公募回の採択率についてご紹介していきます。

• 第13次公募の採択率
• 第12次公募の採択率
• 第11次公募の採択率

まずは、どのくらいの件数が採択されているのかを見ていきましょう。

第13次公募の採択率

第13次公募は、2025年10月31日から11月28日まで申請受付がおこなわれました。

対象となったのは、事業承継やM&Aをきっかけに設備投資や専門家活用を進める中小企業です。

募集期間	2025年10月31日〜11月28日
申請件数	481件
採択件数	293件
採択率	約60.9％

全体としては6割を超える採択率となっており、近年の公募でも一定数の採択が続いていることがわかります。

参考：中小企業庁｜補助金採択結果（十三次公募）

第12次公募の採択率

第12次公募は、2025年8月22日から9月19日まで募集がおこなわれました。

この回も、事業承継やM&Aにともなう取り組みを対象に申請受付が実施されています。

募集期間	2025年8月22日〜9月19日
申請件数	742件
採択件数	453件
採択率	約61.0％

第13次公募より申請件数は多かったものの、全体の採択率はほぼ同じ水準でした。

参考：中小企業庁｜補助金採択結果（十二次公募）

第11次公募の採択率

第11次公募は、2025年5月9日から6月6日まで申請受付がおこなわれました。

対象となったのは、事業承継やM&Aを契機に経営資源の引継ぎや設備投資を進める中小企業です。

直近の公募と同じく、事業承継後の経営改善や生産性向上につながる取り組みが補助対象になりました。

募集期間	2025年5月9日〜6月6日
申請件数	590件
採択件数	359件
採択率	約60.8％

第12次・第13次公募と比べても大きな差はなく、直近3回の結果を見ても、ここしばらくは全体として6割前後で推移していることがわかります。

ただし、申請件数の増減や公募回ごとの募集内容によって、採択率にも違いが出てくるため、あくまでも近年の傾向として考えておくのがよいでしょう。

参考：中小企業庁｜補助金採択結果（十一次公募）

事業承継・M&A補助金の枠別の採択率

事業承継・M&A補助金は、全体の採択率だけを見ても実際の難しさまでは判断しにくい制度ではないかと考えます。

その理由は、申請する枠ごとに対象となる経費や申請内容が異なり、審査で見られるポイントにも違いがあるためです。

例えば、設備導入を中心に申請する場合と、M&Aにともなう専門家費用を申請する場合では、求められる説明の内容も大きく変わります。

ここからは、申請枠それぞれの採択率についてご紹介します。

• 事業承継促進枠の採択率
• 専門家活用枠の採択率
• PMI推進枠の採択率
• 廃業・再チャレンジ枠の採択率

「どの枠を使うか」によって準備の進め方も変わりますので、まずは枠ごとの数字を確認しながら、実際の活用を検討してみてください。

事業承継促進枠の採択率

事業承継促進枠は、後継者への引継ぎにあわせて設備導入や業務改善を進める際に使われる枠です。

対象となる経費が比較的わかりやすいため申請件数も多く、各公募回で安定した採択状況が続いています。

公募回	申請件数	採択件数	採択率
第13次公募	182件	111件	約61.0％
第12次公募	250件	152件	約60.8％
第11次公募	※事業承継促進枠の公募なし

第11次公募では、事業承継促進枠の公募がされていないため、第13次公募・第12次公募の2回のデータとなりますが、どちらも6割前後で推移しており、全体採択率と近い水準で、採択率そのものは比較的安定していると言えるでしょう。

設備更新やシステム導入など、承継後の経営改善につながる内容が中心になっています。

専門家活用枠の採択率

専門家活用枠は、M&Aや第三者承継で必要になる仲介費用・FA費用・デューデリジェンス費用などを対象とする枠です。

費用の内容が比較的整理しやすいため、申請件数は4枠のなかでも多くなっています。

公募回	申請件数	採択件数	採択率
第13次公募	267件	163件	約61.0％
第12次公募	436件	266件	約61.0％
第11次公募	561件	347件	約61.8％

こちらも3回ともほぼ同じ水準で推移しており、大きな変動は見られません。

専門家へ何を依頼するかが明確な申請が多いことも、この安定につながっているのではないかと考えられます。

PMI推進枠の採択率

PMI推進枠は、M&Aの成立後に業務や組織を整えるための枠です。

対象となるのは、システム統合・業務フロー見直し・従業員教育など、承継後の運営を安定させる取り組みです。

公募回	申請件数	採択件数	採択率
第13次公募	32件	19件	約59.4％
第12次公募	55件	34件	約61.8％
第11次公募	※PMI推進枠の公募なし

件数は他枠より少ないものの、採択率は全体と大きく変わりません。

比較的新しい枠ですが、数字は安定していると言えます。

廃業・再チャレンジ枠の採択率

廃業・再チャレンジ枠は、不要な設備や部門の整理にかかる費用を対象とする枠ですが、単独申請よりも他の枠と組み合わせて使われることが多いのが特徴です。

そのため、他の枠のように単独の採択率は見えにくくなっています。

公募回	採択件数（併用含む）	備考
第13次公募	※結果の公表なし
第12次公募	1件	採択件数が少数
第11次公募	29件	他枠との併用件数

第11次では一定数の活用が見られましたが、第12次・第13次は件数が少なく、年度によって差があります。

単独で比較するよりも、どの申請枠とあわせて使われているかを見る方が実態に近いと言えるでしょう。

それぞれの枠の詳細や、事業承継で使える主な補助金については、以下の記事でも詳しく解説していますので参考にしてください。

関連記事：事業承継に使える補助金は？2025年度のスケジュールや申請方法・対象経費なども解説！

参考：中小企業庁｜補助金採択結果（十三次公募）
参考：中小企業庁｜補助金採択結果（十二次公募）
参考：中小企業庁｜補助金採択結果（十一次公募）

採択データからわかる傾向とは

第11次から第13次までの採択結果を見ると、全体としては6割前後で推移しており、大きく数字が崩れているわけではありません。

ただし、同じ6割前後ですが、「どの申請でも同じように通るわけではない」という点には注意しておきたいところです。

実際の採択データからわかるのは、承継そのものだけでなく、そのあとの経営の見通しまで示されている申請が比較的評価されやすい傾向がある、ということだと言えます。

採択されやすい申請では、例えば次のような点がわかりやすく整理されています。

• 後継者や承継方法がある程度決まっている
• なぜ今その投資や支出が必要なのかを説明できる
• 承継後に売上や業務改善へどうつながるかがイメージできる

一方で、「設備が古いため更新したい」「専門家へ依頼したい」といった説明だけでは、補助金の目的とのつながりが弱く見えることがあるでしょう。

つまり採択率の数字だけを見るよりも、「この申請によって会社がどう変わるのか」が伝わるかどうかが、ひとつの分かれ目になりやすいのではないかと考えます。

採択率を見るときに押さえたいポイント

ここまで見てきたように、事業承継補助金の採択率は、公募回ごとの申請件数や申請枠の違いによって、審査で見られやすい内容にも違いが出ます。

また、自社と似た規模や目的の申請がどのように評価されているかまでは、数字だけではわかりません。

そのため、採択率は全体の傾向として受け止めながら、少し視点を変えて見ていくことが大切です。

ここでは、採択率を見るときに押さえたいポイントとして次の3つをご紹介します。

• 採択率の高さでは判断できない
• 公募回や申請枠で難易度が変わる
• 全体の採択率と自社の可能性は違う

具体的に解説していきますので、申請を考える際の参考にしてください。

採択率の高さでは判断できない

過去の採択率を見ると、「思ったより高い」と感じることもあるかもしれませんが、実際にはそれだけで判断はできません。

数字が高めに見える公募回でも、内容が十分に整理されていない申請まで広く採択されているわけではないからです。

採択されている案件を見ると、事業承継の背景・投資の必要性・承継後の計画までが、ある程度整理されているものが中心となります。

例えば、設備更新であっても、「なぜ今必要なのか」「承継後にどのような改善につながるのか」が説明されている申請は伝わりやすくなると言えるでしょう。

数字だけを見ると安心材料に感じられることもあるかもしれませんが、審査は一件ずつ内容を確認されながら進みます。

そのため、採択率が高かった回だとしても、その会社が重ねてきた準備が簡単だったとは言い切れません。

公募回や申請枠で難易度が変わる

同じ事業承継補助金でも、公募回や申請枠によって難易度は変わります。

これは、募集される時期によって申請内容の傾向が変わるためです。

例えば、設備更新を考える会社が多い時期には、事業承継促進枠の申請が増えやすくなります。

一方で、M&A案件が増える時期は、専門家活用枠の件数が伸びることが考えられるでしょう。

さらに、枠ごとに見られやすいポイントにも違いがあります。

• 事業承継促進枠：投資による改善効果
• 専門家活用枠：費用の必要性と妥当性
• PMI推進枠：承継後の実行内容

どの枠を使うかに応じて、準備や申請内容の方向性までしっかりと考えることが大切です。

全体の採択率と自社の可能性は違う

全体の採択率が6割前後であっても、その数字がそのまま自社の可能性になるわけではありません。

実際には、会社ごとの状況によって見られる内容は変わります。

特に整理しておきたいのは次のような点です。

• どの承継方法を予定しているか
• 補助対象経費と内容が合っているか
• 事業計画に具体性があるか

例えば同じ設備更新でも、「古くなったため入れ替える」という説明だけでは、必要性が十分に伝わりにくいことがあります。

ですが、そこに「後継者が新しい取引先へ対応するために必要」といった背景が加わると、補助金の目的とのつながりが伝わりやすくなるでしょう。

採択率は参考として考えながら、自社の内容が制度の趣旨に合っているかを確認していくことが大切です。

自社の場合はどのような可能性があるか、どうすれば採択してもらえるのかを具体的に整理していきたい場合は、ぜひ一度TORUTE株式会社にご相談ください。

採択率では見えにくい審査のポイントは？

ここまで見てきたように、採択率は全体の傾向を知るうえで参考になりますが、それだけでは審査の中身までは見えてきません。

特に申請書のなかで何が明確に伝わっているかは、採択率の数字以上に影響しやすい部分です。

ここでは、採択率では見えにくい審査のポイントとして、次の4つをご紹介します。

• 事業承継やM&Aの必要性を説明できる
• 補助事業の内容に具体性と実現性がある
• 事業計画と添付資料に整合性がある
• 承継後の事業の見通しまで示されている

実際にイメージしながら、読み進めてみてください。

事業承継やM&Aの必要性を説明できる

審査では、まず「なぜ今このタイミングで事業承継やM&Aを進めるのか」といった必要性を説明できることが大切です。

単に経営者の年齢だけを理由にするよりも、会社の状況とあわせて説明できると理解されやすくなります。

例えば、後継者への引継ぎ準備を進める必要があることや、主要設備の更新時期が近付いていること、取引先との関係を維持するために早めの対応が必要なことなど、経営上の背景があると申請内容に具体性が出ます。

補助金は承継そのものを支える制度ですが、その先にどのような課題があり、何を整えたいのかまでが説明のなかでわかると、計画全体の必要性が伝わりやすくなるでしょう。

補助事業の内容に具体性と実現性がある

補助金申請では、事業の内容として「何をする予定なのか」に具体性があることが求められます。

例えば新しい機械を導入する場合でも、単に設備名を書くのではなく、その導入によってどの工程が改善されるのかまで示せると内容が伝わりやすくなります。

また、実現性があることも重要です。

導入後の流れや運用方法まで無理なく説明できる内容の方が、実際の事業とのつながりが見えやすくなるでしょう。

大きな計画に見せようとするよりも、承継後に無理なく進められる内容として整理したほうが、かえって納得感が出やすいものです。

事業計画と添付資料に整合性がある

申請書に書いた事業計画の内容と添付資料の内容が一致しているかどうかも、見落とせないポイントです。

細かな部分に見えますが、ここで違和感があると計画全体の伝わり方に影響します。

例えば、申請書では設備更新を中心に説明しているのに、見積書に別の用途の内容が多く含まれていると、「何に使う予定なのか」が見えにくくなることがあります。

見積書・事業計画・補助対象経費の説明が同じ方向を向いているかは、提出前に整合性があるかをしっかり確認しておくとよいでしょう。

承継後の事業の見通しまで示されている

補助金では、承継そのものよりも、その後の事業がどのように続いていくかまでを見られます。

承継後の姿がある程度イメージできると、補助の必要性も伝わりやすくなるのです。

例えば、次のような方向性があると、補助事業とのつながりが見えやすくなります。

• 売上を維持したい
• 既存の取引先との関係を続けたい
• 生産効率を改善したい

大きな数値目標を細かく示す必要はありませんが、承継後にどのような形で会社を安定させていきたいかが伝わると、申請全体にまとまりが出ます。

以下の記事では、事業承継計画の具体的な作り方についてもご紹介していますので、こちらも参考にしてください。

関連記事：事業承継計画とは？必要性や計画書の具体的な作り方・いつから始めるべきかも解説！

事業承継補助金で不採択になりやすい理由とは

事業承継補助金で不採択になる申請には、いくつか共通する傾向があります。

内容そのものが大きく間違っているというより、制度の趣旨とのつながりや、伝え方の部分で差が出ることも少なくありません。

ここからは、事業承継補助金で不採択になりやすい、次の4つの理由をご紹介します。

• 制度を使う目的が曖昧
• 必要書類の準備不足や記載漏れ
• 補助対象経費の理解ができていない
• スケジュールに余裕がなく内容が浅い

それぞれについて、具体的に解説していきます。

制度を使う目的が曖昧

ここまでにも解説しましたが、事業承継補助金では「何に使うか」だけでなく、「なぜ今その取り組みが必要なのか」が伝わることが大切です。

例えば、機械の更新やシステム導入そのものは必要な取り組みであっても、それだけでは制度を使う目的が曖昧だと受け取られることもあります。

審査では、承継をきっかけに会社のどこを整えたいのか、そのために今回の費用がどう役立つのかまで読み取れるかが意識されます。

後継者へ仕事を引き継ぐタイミングで作業効率を見直したい場合や、新しい受注体制に合わせて設備を整えたい場合は、背景が自然に伝わりやすくなると言えるでしょう。

単に「必要だから」ではなく、「承継後の経営にどうつながるか」まで一続きで説明できるようにしておくと安心です。

必要書類の準備不足や記載漏れ

どれだけ申請内容が整理されていても、書類が評価に影響することがあります。

特に多いのは、添付資料の不足や記載内容の食い違いです。

数字や日付が少し違うだけでも、全体の確認に時間がかかり、内容が伝わりにくくなることがあります。

事業承継補助金では、申請書だけでなく見積書や確認資料もあわせて見られるため、それぞれの内容がきちんとつながっていることが大切です。

どれだけ整理したつもりでも、あとから見ると細かな抜けが見つかることがあります。

そのため、提出前に見直す時間を取り、可能であれば第三者に必要書類の準備不足や記載漏れがないかを確認してもらうのがよいでしょう。

補助対象経費の理解ができていない

不採択理由として意外に多いのが、補助対象となる経費の理解ができていないケースです。

先にも触れたとおり、会社に必要な支出であっても、すべてが補助金の対象になるわけではなく、公募要領で定められた範囲に入っているかどうかが前提になります。

例えば設備導入では、事業に直接必要な機械やシステムは対象になりやすい一方で、汎用性が高い備品や承継との関係が見えにくい支出は、対象外と判断されることがあります。

また専門家費用についても、M&A支援や企業価値算定などは対象になる場合がありますが、内容によっては対象外となることがあるため、契約内容や見積書の内訳まで確認しておくことが必要です。

「会社で使うものだから大丈夫」と考えず、申請前にどこまでが対象になるかをひとつずつ整理しておくと、あとから迷いにくくなるでしょう。

事業承継補助金の対象経費については以下の記事にまとめていますので、こちらもご覧ください。

関連記事：事業承継補助金の対象経費は？枠組みごとのルールや金額・認められない例も紹介！

スケジュールに余裕がなく内容が浅い

スケジュールに余裕がなく準備期間が足りないと、全体の説明が十分に整わず、内容が浅いまま提出しなければならないことがあります。

例えば、売上見込みの根拠が短い・将来の流れが途中で止まっている・見積内容とのつながりがわかりにくいといった状態です。

補助金申請では、限られた文章のなかでも「この計画なら進められそうだ」と感じてもらう必要があります。

そのためには、必要書類を揃えるだけでなく、見積取得や計画整理まで含めて順番に進めることが大切です。

公募が始まってから一気にまとめるよりも、なるべく早い段階から必要な情報を少しずつ集めておく方が、いざというときにもスムーズに進められるでしょう。

事業承継補助金の採択までにかかる期間は？

事業承継補助金は、申請してすぐに結果がわかるわけではありません。

公募が始まってから申請締切まで一定の期間があり、そのあとに審査がおこなわれ、採択結果が公表されます。

そのため、申請から採択発表までにかかる期間はおおむね1〜2ヵ月程度、そして交付決定まで含めると、全体では数ヵ月かかることもあります。

ここで気をつけたいのは、採択されたあとも、すぐに契約や支払いへ進めばよいわけではないという点です。

もし交付決定より前に契約・発注・支払いをおこなった場合、その経費は、原則として補助対象となりません。

採択が見込まれる段階でも、交付決定通知を受けるまでは契約・発注を控えることが重要になります。

例えば、設備の発注時期や専門家との契約日が早すぎると、せっかく採択されても対象外になることがあるため、予定の組み方には注意しておきたいところです。

基本的に、予定される採択日や交付決定時期は、公募の段階で公表されていますので、受付期間も含めてしっかりと確認しておくのがよいでしょう。

事業承継補助金の申請で相談先が必要なケースは？

事業承継補助金の申請は、ご自身でも公募要領を確認しながら進めること自体はできますが、実際には会社ごとの事情によって判断に迷う場面が出てくることも少なくありません。

公募要領だけでは判断しにくいこともあるため、内容によっては早めに相談先を見つけておくと、スムーズに進めやすくなります。

例えば、次のようなケースでは、相談が必要になることがあります。

• 対象になるか判断しにくい場合
• 必要書類や準備に不安がある場合
• 申請書だけでなく計画全体を整えたい場合

それぞれについて、具体的に解説していきます。

対象になるか判断しにくい場合

事業承継補助金では、自社の取り組みがどの申請枠に当てはまるのか、きちんと対象になるか判断しにくい場合があります。

例えば、親族内承継なのか従業員承継なのか、第三者への引継ぎを含むのかによって、整理の仕方は変わります。

また、設備導入や専門家費用についても、「必要な支出ではあるが補助対象に含まれるのか」と迷うことは少なくありません。

制度上は対象になりそうでも、承継の内容とのつながりが整理できていないと、申請全体の方向が定まりにくくなることが考えられます。

こうした判断に迷う段階では、早い段階で専門家に相談することで、方向性をしっかりと定めて進めやすくなるでしょう。

必要書類や準備に不安がある場合

申請に必要な書類は、一つひとつを見ると特別難しいものではありませんが、実際に揃え始めると想像以上に時間がかかることがあります。

見積書・事業計画・確認資料などは、それぞれ内容がつながっていることが求められるため、途中で「どこまで書けばよいのか」と迷うこともあるかもしれません。

特に、数字や日付の整合性まで含めて整えるには、少し余裕を持って準備した方が安心です。

準備に不安がある場合は、専門家に相談しておくことでしっかりと確認してもらえるので、安心して進めることができるでしょう。

申請書だけでなく計画全体を整えたい場合

補助金の申請は、承継の一部分を整理する作業でもあります。

そのため、本来は「いつ承継するのか」「何を引き継ぐのか」「承継後にどのように進めるのか」といった全体の流れが見えていると、申請内容にも無理が出にくくなります。

例えば、設備投資の時期や専門家への依頼内容も、承継の進み方とあわせて考えたほうが自然にまとまるでしょう。

特に、まだ承継を考え始めた段階では、補助金に関する申請書だけを考えるよりも、計画全体を整えていくほうが結果としてスムーズになるため、まずは相談先で進め方を考えていくのがおすすめです。

事業承継補助金のご相談は「TORUTE株式会社」へ

事業承継補助金は、制度の条件を確認すれば申請できるように見えるかもしれません。

ですが実際には、「自社はどの申請枠に当てはまるのか」「予定している費用が補助対象になるのか」「承継の流れとどう合わせればよいのか」といった場面で迷ってしまう方も少なくありません。

ここまでにも解説してきたように、補助金は申請書だけを整えるものではなく、事業承継全体の流れのなかで位置付けることが重要になります。

いつ承継を進めるのか・後継者へ何を引き継ぐのか・設備投資や組織の整理をどの段階で進めるのかによって、申請内容の組み立て方も変わってくるのです。

TORUTE株式会社では、こうした補助金の検討にあたって、弁護士を中心に他の専門家とも連携しながら、事業承継全体を見据えた整理をおこなっています。

補助金を使うことだけを急ぐのではなく、「今の会社にとって何を優先するべきか」「どの進め方が現実的か」といった点も含めて、ひとつずつ確認しながら進めることを大切にしています。

また、初回は無料でご相談いただけますので、まだ方向性が固まっていない段階でも、お気軽にご相談ください。

これまで大切にしてきた事業への想いや、これから先の経営の形にも目を向けながら、無理のない承継の進め方をともに考えていけると幸いです。

まとめ

事業承継補助金は、公募回によって差はあるものの、直近数回の採択率は6割前後で推移しており、極端に厳しい制度というわけではないように見受けられます。

ただし、ここまでにも解説してきたとおり、採択率が一定程度あるからといって、内容を簡単にまとめれば通るわけではありません。

どの申請枠を選ぶか・補助対象となる経費をどう整理するか・承継後の計画をどう伝えるかによって、準備の仕方は変わってきます。

また、採択されたあとも交付決定や実施期間を意識しながら進める必要があるため、申請のタイミングだけでなく、承継全体の流れのなかで考えておくことが大切です。

特に中小企業の事業承継では、設備投資や費用の整理だけでなく、後継者への引継ぎや今後の経営の方向まで含めて考えておくことで、補助金の必要性もしっかりと示せるようになるでしょう。

数字だけにとらわれず、「この補助金を使って何を整えたいのか」を落ち着いて整理しながら進めることで、無理のない承継につながっていくはずです。